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A Bayesian two-stage biomass model applied to the English Channel stock of cuttlefish (Sepia officinalis) ArchiMer
Alemany, Juliette; Rivot, Etienne; Foucher, Eric; Vigneau, Joel; Robin, Jean-paul.
Among the English Channel fishery, the importance of cuttlefish stock has increased, following the cephalopods global landings and market trend. An adapted stock assessment model is needed in order to give good management advice with accurate uncertainties. Age based methods in this species are hampered by time consuming age determination with statoliths. A model requiring few data and adapted to the species life-history is therefore proposed. An assessment of this stock was conducted in June 2015 by fitting a two-stage biomass model on a 22 years’ time-series (1992-2014). The use of a Bayesian framework is particularly adapted for decision making, allowing the propagation of uncertainty in the model. It also permits the use of different sources of...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00379/49066/49514.pdf
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A Bayesian two-stage biomass model for stock assessment of data-limited species: An application to cuttlefish ( Sepia officinalis ) in the English Channel ArchiMer
Alemany, Juliette; Rivot, Etienne; Foucher, Eric; Vigneau, Joel; Robin, Jean-paul.
Cuttlefish is a key commercial species in the English Channel fishery in terms of landings and value. Age-based assessment methods are limited by time-consuming age determination with statoliths and the lack of stock assessment models tailored to this data-limited species. A two-stage biomass model is developed in the Bayesian state-space modelling framework that allows inferences to be made on the stock biomass at the start, middle and end of each fishing seasons between 1992 and 2014, while accounting for both process and measurement errors and to assimilate various sources of information. A method that uses ancillary length-frequency data is developed to provide an informative prior distribution for the biomass growth rate parameter g (E = 0.89) and its...
Tipo: Text Palavras-chave: English Channel; Cuttlefish; Sepia officinalis; Bayesian state-space model; Data-limited stock; Two-stage biomass model.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00376/48766/49289.pdf
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A hierarchical Bayesian model for embedding larval drift and habitat models in integrated life cycles for exploited fish ArchiMer
Rochette, Sebastien; Le Pape, Olivier; Vigneau, Joel; Rivot, Etienne.
This paper proposes a hierarchical Bayesian framework for modeling the life cycle of marine exploited fish with a spatial perspective. The application was developed for a nursery-dependent fish species, the common sole (Solea solea), on the Eastern Channel population (Western Europe). The approach combined processes of different natures and various sources of observations within an integrated framework for life-cycle modeling: (1) outputs of an individual-based model for larval drift and survival that provided yearly estimates of the dispersion and mortality of eggs and larvae, from spawning grounds to settlement in several coastal nurseries; (2) a habitat suitability model, based on juvenile trawl surveys coupled with a geographic information system, to...
Tipo: Text Palavras-chave: Eastern Channel (Western Europe); Habitat suitability model; Hierarchical Bayesian model; Hydrodynamic models; Integrated model; Larval drift; Life cycle; Nursery; Recruitment; Sole; Solea solea; Spatially structured.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00161/27243/25454.pdf
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A new statistic for sampling design investigation : an application to length-structured landings sampling ArchiMer
Vigneau, Joel; Mahevas, Stephanie.
Measuring fish on a market or on board a vessel is the most common action taken by biologists all around the world to gather data for stock assessment. The samples coming from this kind of survey are of vector type and are not straightforward to analyse and compare. This paper proposes a generic tool that enables to investigate in any multinomial like sampling scheme. The use of this tool will be discussed based on examples from two different sampling designs. One is a sampling of commercial market categories and the other is a métier based sampling. The research of outliers, misallocated samples or potential bias, the stratification and the analysis of within and between strata variance will be discussed with the objective of constructing the best...
Tipo: Text Palavras-chave: Stratification; Sampling design; Length structure; Market sampling.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/acte-2698.pdf
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Aménagement des pêches régionales (Baie de Seine) - Rapport d'activité 1990 ArchiMer
Morin, Jocelyne; Legrand, Veronique; Fiant, Liliane; Duval, P.; Giret, Marc; Lemoine, M.; Miossec, Dominique; Tetard, Alain; Vigneau, Joel.
Dans le cadre contractuel du Plan Etat-Région de Basse-Normandie, plusieurs actions d'intérêt régional ont été menées de 1984 à 1988 sur : - la pêcherie de praires et bivalves du Cotentin ouest, - les pêcheries côtières de homard, seiche, buccin de la côte du Cotentin ouest, - l'exploitation des gisements de moule du Cotentin est, - la gestion des ressources en coquilles Saint-Jacques de baie de Seine. Ces travaux ont contribué à la définition et à la mise en place de règles d'exploitation et à mieux cerner certaines ressources potentielles telles que les bivalves autres que ceux classiquement exploités. Le programme proposé pour la période 1989-1993 a eu pour objectif majeur d'accompagner la Région dans son effort de gestion de sa pêche et de ses...
Tipo: Text
Ano: 1991 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18682/16312.pdf
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BESTCLIM. Buccin Espèce SenTinelle pour le CLIMat ArchiMer
Hegron – Mace, Laurence; Legrand, Véronique; Kellner, Kristell; Grangere, Karine; Cochard, Marie-laure; Vigneau, Joel; Daures, Fabienne.
La Baie de Granville représente la première région française et européenne de pêche du buccin. Même si cette ressource génère une activité économique importante à l’échelle de la Normandie avec un volume de 8 800 tonnes, 16.82 millions € en 2014 (source SIH), elle reste néanmoins vulnérable. BESTCLIM a pour objectif de 1) Développer la connaissance du cycle de vie du buccin, 2) Evaluer l’activité de la pêcherie et l’état du stock de buccin en Ouest Cotentin avec des méthodes appropriées, 3) Caractériser les aspects socio-économiques de la pêcherie. L’élévation de la température de l’eau impacte la reproduction du buccin en retardant le déclenchement de la gamétogenèse des mâles. Elle a pour effet de réduire de manière importante l’émission de pontes par...
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00422/53394/54435.pdf
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Detecting sampling outliers and sampling heterogeneity when catch-at-length is estimated using the ratio estimator ArchiMer
Vigneau, Joel; Mahevas, Stephanie.
Measuring fish on board fishing vessels or at fish markets to collect data for stock assessment purposes is one of the most straightforward actions carried out by fisheries scientists worldwide. However, such samples are not straightforward to handle and analyse because of their vector-type structure. A generic tool that allows investigation in any multinomial-like sampling scheme is provided, as long as the scheme is built on a ratio estimator, which is the case for most length sampling in the fisheries sector. The use of this tool is discussed using data obtained from two different sampling designs, one consisting of commercial market samples by category and the other on fishing activity or metier. The identification of outliers, misallocated samples, or...
Tipo: Text Palavras-chave: Stratification; Sampling design; Market sampling; Length structure.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-2731.pdf
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Diagnostic sur l’holothurie (Cucumaria frondosa) de la ZEE de St-Pierre et Miquelon et recommandations de gestion pour 2019 ArchiMer
Foucher, Eric; Vigneau, Joel; Goraguer, Herle.
This scientific report describes the sea cucumber (Cucumaria frondosa) fishery in Saint-Pierre and Miquelon (France). A synthesis of knowledge on the biology and life cycle of this species is presented, as well as a history of the fishery. Using the data collected during the SPM2017-Hal scientific survey conducted in August 2017, as well as data from the professional fishery, both in Saint-Pierre and in Canada, an assessment of the sea cucumber stock and a diagnosis of the state of this stock are carried out. Management objectives for this stock, with a view to its sustainability, are proposed.  
Tipo: Text
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00681/79333/81845.pdf
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Eléments de base pour la définition d’un protocole scientifique en vue d’obtenir un indice d’abondance. ArchiMer
Biais, Gerard; Biseau, Alain; Gadenne, Helene; Vigneau, Joel.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00299/41024/40136.pdf
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Eléments de base pour le renforcement des observations OBSMER du stock de raie brunette (Raja undulata) de Manche. ArchiMer
Gadenne, Helene; Vigneau, Joel; Tetard, Alain; Cornou, Anne-sophie.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00299/41028/40145.pdf
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Eléments de base pour l’élaboration d’un protocole scientifique de suivi de l’abondance sur le long terme du stock de raie brunette Raja undulatade Manche. ArchiMer
Gadenne, Helene; Vigneau, Joel; Tetard, Alain.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00299/41027/40142.pdf
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Eléments d’information sur la coquille Saint-Jacques en baie de Seine et l’éventualité de la mise en place d’une zone de restriction spéciale ArchiMer
Foucher, Eric; Biseau, Alain; Berthou, Patrick; Fifas, Spyros; Forest, Andre; Vigneau, Joel.
La coquille Saint-Jacques en Manche Est, dont la plupart des gisements (baie de Seine étendue, Greenwich, Vergoyer, Bassurelles…) sont vraisemblablement inter-connectés, est aujourd’hui exploitée par des flottilles de plusieurs états membres de l’UE, selon des systèmes de réglementation différents. Le système d’exploitation français, historiquement basé sur une pêche intense concentrée en période automnale et hivernale, s’oppose radicalement au système anglo-saxon, plus ouvert, reposant davantage sur une exploitation tout au long de l’année, en particulier en été pour alimenter le marché français en noix fraîches, au moment où les français ne pêchent pas. De nombreuses discussions entre représentants professionnels des différents pays (lors des groupes de...
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00024/13492/10500.pdf
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Evaluation de l’impact de la drague à moules sur la sole commune et son renouvellement dans les zones de nourricerie ArchiMer
Vigneau, Joel; Biseau, Alain; Cochard, Marie-laure; Vermard, Youen.
Expression de la demande : La demande d’avis de la part de la Direction Interrégionale de la mer Manche Est – mer du Nord (DIRM-MMN) datant du 25 février 2015 et référencée 25/2015 est présentée en annexe. La demande fait référence à un arrêté d’interdiction faite à une liste d’engins traînants de fond dans les zones de nourricerie en Baie de Seine afin de favoriser la reconstitution des stocks de sole. La liste des engins prohibés (annexe III de l’arrêté) inclut les dragues remorquées par bateau, code DRB selon la nomenclature FAO. Le comité régional des pêches de Basse-Normandie (CRPBN) s’inquiète de cette interdiction, arguant du fait que la zone protégée en baie de Seine occidentale englobe une partie des gisements mouliers de Grandcamp et Ravenoville,...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00255/36625/79503.pdf
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Evaluation de l’impact du chalut à maquereau sur la sole commune et son renouvellement dans les zones de nourricerie ArchiMer
Vigneau, Joel; Biseau, Alain; Cochard, Marie-laure; Morandeau, Fabien; Scavinner, Marion.
Expression de la demande : La demande d’avis de la part de la Direction Interrégionale de la mer Manche Est – mer du Nord datant du 25 février 2015 et référencée 27/2015 est présentée en annexe. La demande fait référence à un arrêté1 d’interdiction faite à une liste d’engins traînants de fond dans les zones de nourricerie en Baie de Seine afin de favoriser la reconstitution des stocks de sole. La liste des engins prohibés (annexe III de l’arrêté) inclut le chalut de fond, codé OTB selon la nomenclature FAO, code utilisé pour les chaluts dits semi-pélagiques à maquereau, qui se trouvent de facto interdits dans les zones considérées. Le comité régional des pêches de Basse-Normandie (CRPBN) s’inquiète de cette interdiction, arguant du fait que ce chalut ne...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00255/36628/79501.pdf
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Evaluation du stock de coquilles Saint-Jacques de la Manche-Est - Campagne COMOR XXIV N.O. Thalia ArchiMer
Vigneau, Joel; Lemoine, Michel.
Tous les ans depuis 1976, le laboratoire "RESSOURCES HALIEUTIQUES" de PORT-EN-BESSIN effectue une campagne d'évaluation sur les coquilles Saint-Jacques en Manche-Est; Les objectifs en sont une évaluation des stocks avec estimation de la biomasse exploitable, de la qualité du recrutement (prochaine génération à entrer dans les captures) et du pré-recrutement (dernière génération née, non encore accessible aux engins par la taille), et des paramètres de croissance. Toutes ces données servent de support aux décisions de la "commission coquilles" du Comité Régional des Pêches et des Cultures Marines de Basse-Normandie, avant l'ouverture de la saison de pêche. Ce type de campagne a été initialement mis au point par G. de KERGARIOU. En 1990, lors de la campagne...
Tipo: Text
Ano: 1994 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18752/16323.pdf
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French data processing for assessment working groups ArchiMer
Vigneau, Joel; Girardin, Raphael.
During the flatfish benchmark held in ICES in 2020 (WKFlatNSCS), questions arose on the modifications made recently on two key fields of fisheries data processed by France for providing data to stock assessment groups. These two fields are: • the gap filling method in Age Length Keys • the effort aggregates in support of discards raising procedure Updates of procedures, improvements of R scripts and coding are done permanently, and some of the modifications made in 2019 at the demand of WGNSSK experts had unraveled issues that went undetected until data submission of sol.27.7d full time series for WKFlatNSCS benchmark. These issues may have also impacted the Celtic Sea benchmark (WKCELTIC) and to a lesser extent the WKDEM earlier in the year.  The document...
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00613/72482/71448.pdf
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Length structures and maturity ogive for Atlantic Halibut (Hippoglossus hippoglossus) from St-Pierre et Miquelon fishery in NAFO subdivision 3Ps in 2014. ArchiMer
Vigneau, Joel; Claireaux, Daniel; Goascoz, Nicolas; Goraguer, Herle; Mahe, Kelig.
The Atlantic halibut stock area comprises the NAFO subdivisions 3NOPs4VWX5Zc where total international catches has increased to about 2300 tonnes in 2013 and the TAC for 2014 has been set to 2563 tonnes. The St-Pierre et Miquelon uptake of the overall quota varies between 2 to 6 % over the last 10 years. In 2014, responding to a demand for improving the scientific cooperation, by the Canada France Consultative Committee (CFCC) for 3Ps management, SPM began the monitoring of the autumn fishery by on-board observer. The objectives were to provide the stock assessment working group with information on maturity given that the fishery is fishing on a spawning ground.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00270/38074/36194.pdf
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Les campagnes d'évaluation du stock de coquilles Saint-Jacques en Manche orientale : méthodologie et estimation des indices d'abondance ArchiMer
Vigneau, Joel; Fifas, Spyros; Foucher, Eric.
The methodology used for obtaining absolute abundance indices for Eastern Channel scallop is described in this paper. For the survey (COMOR), stratified multi-stage random sampling is used. The number of sampled units is computed based on variance estimates from the last survey. Knowledge of gear (Brittany dredge with a diving plate) selectivity and efficiency parameters is required for estimating total exploitable biomass and absolute abundance indices by age and strata. Details of the mathematical development of all estimators are given. A non parametric bootstrap provides confidence intervals for all estimates.
Tipo: Text Palavras-chave: Eastern Channel; Bay of Seine; Dredge; Pecten maximus; Scallop; Survey; Assessment; Manche orientale; Baie de Seine; Drague; Pecten maximus; Coquille Saint Jacques; Campagne; Evaluation.
Ano: 2001 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2001/rapport-6550.pdf
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Note sur l'exploitation et la gestion du stock de concombre de mer (Cucumaria frondosa) à St-Pierre et Miquelon ArchiMer
Vigneau, Joel; Biseau, Alain; Goraguer, Herle.
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00386/49739/50255.pdf
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Obsvente. Protocole d’échantillonnage biologique de la pêche maritime française dans les criées ArchiMer
Rostiaux, Emilie; Vastel, Alice; Vigneau, Joel.
L'action Echantillonnages biologiques des captures a pour objet de réaliser des échantillonnages en taille des débarquements des navires de pêche professionnels dans les principaux points de débarquement en France métropolitaine, selon le programme national avalisé par les services de la Commission européenne et dans le cadre plus général de l’action dédiée et dénommée Observation des ventes (acronyme ObsVente). L’objectif est de produire des structures en taille des débarquements des principales espèces commerciales pour les besoins des évaluations de stocks par les Organisations Régionales de Gestion des Pêches (ORGP) et autres instances scientifiques internationales compétentes (comme le CIEM), conformément aux obligations internationales de la...
Tipo: Text
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00355/46590/46402.pdf
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